2024年度企業所得稅匯算清繳正在進行中，跨地區經營匯總納稅企業注意啦，根據《國家稅務總局關于優化企業所得稅年度納稅申報表的公告》（國家稅務總局公告2025年第1號），總分機構分攤稅款計算方法有變化，跨地區經營匯總納稅企業年度分攤企業所得稅明細表》（A109000）及《企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》（A109010）的表樣和填報說明有調整！我們梳理了一些熱點問題，希望能幫助您合規納稅↓

一、總分機構分攤稅款計算方法有什么變化？

按照調整后的規則，企業先對全年應納稅款進行分攤，再由總、分機構分別抵減其已分攤預繳稅款，并計算本年應補退稅金額。

【案例】甲公司是2023年在北京市注冊成立的企業，不屬于小型微利企業。甲公司分別在山東省、天津市、河北省設立了分支機構A、B、C。2024年，甲企業全年預繳了250萬元，其中，總機構預繳了125萬元，A、B和C按照50％、30％、20％的分攤比例，分別預繳了62.5萬元、37.5萬元、25萬元。甲公司2024年度匯繳應納稅額300萬元，并發現分支機構A、B三因素填寫錯誤，A的分配比例是30％，B的分配比例是50％。

（一）原計算方法第一步，整體計算企業本年應補（退）稅額。

甲企業應補（退）稅額：300－250＝50（萬元）。

第二步，根據分攤比例分別計算總分機構應補退稅額。

總機構應補（退）稅額：50×50％＝25（萬元）；

分支機構A應補（退）稅額：50×50％×30％＝7.5（萬元）；

分支機構B應補（退）稅額：50×50％×50％＝12.5（萬元）；

分支機構C應補（退）稅額：50×50％×20％＝5（萬元）。

（二）新計算方法

第一步，根據分攤比例計算總分機構全年實際應納所得稅額。

甲企業：300萬元總機構：300×50％＝150（萬元）；

分支機構A：300×50％×30％＝45（萬元）；

分支機構B：300×50％×50％＝75（萬元）；

分支機構C：300×50％×20％＝30（萬元）。

第二步，計算總分機構分攤應補（退）所得稅額。

總機構應補（退）稅額：150－125＝25（萬元）；

分支機構A應補（退）稅額：45－62.5＝－17.5（萬元）；

分支機構B應補（退）稅額：75－37.5＝37.5（萬元）；

分支機構C應補（退）稅額：30－25＝5（萬元）。

需要說明的是，匯總納稅企業如果不存在分攤稅款計算不準確的情形，無論按原計算方法，還是按新計算方法，結果都是一樣的。但是，若匯總納稅企業預繳環節未準確計算分攤稅款，新計算方法可通過全量分攤方式，對全年分攤稅款重新計算，實現多退少補。

案例中，由于分支機構A和分支機構B在預繳環節分攤稅款不準確，按新計算方法計算后，分支機構A在匯算清繳時應退稅17.5萬元，分支機構B應補稅37.5萬元，實現了對預繳未準確分攤稅款的調整；由于分支機構C不存在分攤稅款不準確的情形，無論按哪種方法計算，分支機構C在匯算清繳時均應補稅5萬元。

二、所有的二級分支機構都需要就地分攤企業所得稅嗎？

二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。

三、在何種情況下，二級分支機構不需要就地分攤？

滿足以下條件之一的不就地分攤：

（一）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。

（二）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。

（三）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。

（四）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。

（五）匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。

四、某二級分支機構所在地主管稅務機關自行對該二級分支機構實施稅務檢查，需要查補稅款（包括滯納金、罰款）。該如何處理？

二級分支機構應將查補所得稅款的50％分攤給總機構繳納，50％分攤給該二級分支機構就地辦理繳庫。

因此，該稅務檢查與其他二級分支機構無關，只在實施稅務檢查的二級分支機構和總機構之間進行分攤。

五、總機構所在地主管稅務機關自行對總機構實施稅務檢查，需要查補稅款（包括滯納金、罰款）。該如何處理？

總機構應將查補所得稅款的50％按照分攤比例，分攤給各分支機構（不包括不就地分攤的分支機構）繳納；50％分攤給總機構繳納。

因此，該稅務檢查不涉及不就地分攤的分支機構，只在實施稅務檢查的總機構與就地分攤的二級分支機構之間進行分攤。